ECサイト構築の補助金 2026年度｜個人事業主・ネットショップ開業で使える 5 制度

EC事業者・ネットショップ運営者（個人事業主・小規模事業者）が活用できる主要 5 制度を、ECサイトの構築・リニューアル／物流改善・倉庫・配送効率化／広告運用・集客強化／在庫管理・受発注デジタル化 の 4 シーン別にマッピングしたガイドです。 検索の多いEC モールのシステム利用料・SaaS の月額利用料の扱いも、第 19 回と第 20 回の公募要領の経費例を突き合わせて整理しています。 各制度の細かい要件・対象経費・締切は、表内のリンク先の個別記事および公式サイトでご確認ください。

EC事業者向け 5 制度の横断比較

数値は以下の公募回・年度の公募要領を出典としています（持続化〈一般型〉第 20 回 / 持続化〈創業型〉第 4 回 / ものづくり 第 23 次 / デジタル化・AI 導入 2026 年度 / 東京都創業助成 2025 年度）。 公募回ごとに改定される可能性があるため、申請前に必ず各個別記事および公式サイトで最新情報をご確認ください。

シーン別 1: ECサイト構築・リニューアル・ネットショップ開業

自社 EC サイトの新規制作・全面リニューアル・スマートフォン対応・カート機能追加、ネットショップの新規開業などは、原則として以下の経費区分に振り分けて申請します。

• 持続化〈一般型／創業型〉のウェブサイト関連費: 販路開拓等を行うためのウェブサイトや EC サイト、システム（オフライン含む）等の開発・構築・更新・改修が対象。 商品販売のためのウェブサイト作成や更新、効果や作業内容が明確なウェブサイトの SEO 対策、販路開拓等のための特定業務用ソフトウェア導入が含まれる （インターネット広告・バナー広告、SNS 広告・運用代行費、電子パンフレット作成は、第 19 回まではこの区分の経費例だったが第 20 回では〈広報費〉の経費例に移っている）。 ただしウェブサイト関連費の補助金交付申請額の上限は 30 万円（税込）で、 ウェブサイト関連費だけでの申請はできない（他の経費区分との併用が必要）。 50 万円（税抜）以上の費用で作成・更新する場合、当該ウェブサイトは「処分制限財産」に該当する。
• デジタル化・AI 導入補助金の対象 IT ツール: 事務局に事前登録された EC カート・受注管理・販売管理 SaaS が対象。 通常枠は 5 万〜150 万円未満（1 プロセス以上）または 150 万〜450 万円以下（4 プロセス以上）で補助率 1／2 以内（最低賃金近傍の従業員が全従業員の 30% 以上の月が 3 か月以上ある場合は 2／3 以内）。インボイス枠（インボイス対応類型）なら、登録された IT ツールの使用に資するハードウェアとしてPC・タブレット等は補助額 10 万円まで（補助率 1／2 以内）、レジ・券売機は 20 万円まで（同 1／2 以内）が補助対象になる。補助率 3／4 以内（小規模事業者は 4／5 以内）が適用されるのは IT ツール本体（ソフトウェア）の 50 万円部分で、50 万円超〜350 万円部分は 2／3 以内。
• 東京都創業助成事業の広告費・委託費: 都内で創業 5 年未満かつ公社の創業支援事業を利用済みの事業者向け。 事業費区分は「賃借料、広告費、器具備品購入費、産業財産権出願・導入費、専門家指導費」と定義されており、EC サイト構築の外注費は委託費（上限 100 万円）に該当する。

実務面では、新規開業や新業態 EC への参入時には創業型（補助上限 200 万円）を、 革新的な物流自動化や新業態への大型投資ならものづくり補助金を、 既存店の販路開拓に伴う部分的な EC リニューアルは一般型を、という棲み分けが現実的です。

ネットショップを新規に開業する場合は、開業のタイミングそのものが論点になります。 持続化補助金では開業前に申請できない理由、開業届上の開業日と申請日の前後関係に加えて、 持続化補助金〈機械装置等費〉の「対象とならない経費例」にパソコン・タブレット端末が名指しされている点まで含めて 開業時に買う設備の補助金ガイド に用途別で整理しています。

EC モールのシステム利用料・SaaS の月額利用料は対象になる？

EC 事業者の検索が多い「モール・SaaS の利用料」は、 持続化補助金の公募要領がウェブサイト関連費の「対象となる経費例」「対象とならない経費例」を明示しているため、そこを起点に判断できます。

• 第 20 回で「EC モールのシステム利用料、商品の登録作業費」が対象経費例から消えた: 第 19 回（公募要領 第 6 版）のウェブサイト関連費「対象となる経費例」には 「EC モールのシステム利用料、商品の登録作業費」が名指しで載っていましたが、第 20 回（第 8 版）の同じ表からは削除されています。 対象外の経費例に移ったわけでもないため、「例示にない＝対象外」でも「例示にない＝対象」でもありません。 モール利用料を計上する計画なら、申請前に補助金事務局へ可否を確認してください。
• 第 20 回のウェブサイト関連費「対象となる経費例」に載っているもの（EC に効くもの）: 「商品販売のためのウェブサイト作成や更新」「効果や作業内容が明確なウェブサイトの SEO 対策」 「商品販売のためのウェブサイトに掲載する宣材写真の制作費用」 「ウェブサイトに掲載する商品・サービスを販売するための画像や動画作成費用」。 このほかオフライン含むシステム開発・顧客管理システムの構築等も経費例に挙げられています（経費区分の全体像は持続化補助金の記事、全項目は公式の公募要領を参照）。 なお「インターネット広告、バナー広告の実施」「ＳＮＳ広告、運用代行費」は、 第 19 回まではウェブサイト関連費の経費例でしたが、第 20 回では〈広報費〉の経費例に移っています。
• SaaS など期間契約のソフトウェアは按分: 公募要領は「契約期間が補助事業期間を越えるソフトウェア使用権を購入する場合は、按分等の方式により算出された補助事業期間分のみ補助対象」としています。 年間契約の EC カート・受注管理 SaaS を申請するときは、補助事業期間に対応する月数分だけを計上します。
• 「対象とならない経費例」に名指しで載っているもの（EC に効くもの）: 「ウェブサイトに関連するコンサルティング、アドバイス費用」「既に導入しているソフトウェアの更新料」 「家庭および一般事務用ソフトウェア」「補助事業期間内に運用に至らなかったホームページ・ランディングページ」 「販売を目的としたシステムやソフトウェア開発（新商品開発費でも対象外）」。 すでに使っている SaaS の更新料は対象外なので、「新規導入」か「更新」かで扱いが変わります。
• 売上連動・成果報酬・決済手数料は補助対象外: 公募要領の補助対象外経費に「売上高や販売数量、契約数等に応じて課金される経費や成功報酬型の費用」 「インターネットショッピング決済手数料」「各種キャンセルに係る取引手数料等」が明記されています。 売上に連動するモールの販売手数料・成果報酬型のアフィリエイト広告費はここに該当します。

一方で EC モールの月額出店料については、公募要領の経費例に記載がありません。「例示にない＝対象外」でも「例示にない＝対象」でもないため、本記事では可否を断定しません。 固定額の月額利用料か売上連動の手数料かで扱いが変わりうるので、契約書・請求書の内訳を手元に用意したうえで、 申請前に商工会議所・商工会または補助金事務局へ必ずご確認ください。

シーン別 2: 物流改善・倉庫・配送効率化

EC事業者の物流改善は、目的が「販路開拓」または「革新的サービス提供」であることが補助対象判定の出発点です。 「単なる既存設備の取替え更新」ではなく、受注処理の自動化・新業態の倉庫構築・配送 SLA の大幅短縮・物流コストの構造改善など、 設備投資後にどのような販路開拓・売上拡大につながるかを事業計画書で具体的に説明する必要があります。

• 持続化〈一般型／創業型〉の機械装置等費: 補助事業の遂行に必要な機械装置等の購入。ただし「単なる取替え更新」は補助対象外で、新メニュー・新業態への転換・販路拡大などの必然性が必要。 単価 50 万円（税抜）以上は処分制限財産に該当し、補助事業終了後も処分が制限される。 1 件あたり 100 万円（税込）超の機械装置等の購入は、価格妥当性確認のため2 者以上の見積取得が必須。 中古品は購入単価 50 万円（税抜）未満かつ条件を満たす場合のみ対象（修理費用は対象外）。
• ものづくり補助金〈製品・サービス高付加価値化枠〉の機械装置・システム構築費: 革新的な新製品・新サービス開発を伴う設備投資が対象。 既存業務の単純な省力化や、既存サービスの生産プロセス改善のみでは対象外。 補助上限額は従業員数規模別に 750 万円（1〜5 人）／1,000 万円（6〜20 人）／1,500 万円（21〜50 人）／2,500 万円（51 人以上）の 4 段階で、補助下限額は 100 万円。 小規模企業・小規模事業者及び再生事業者は補助率 2／3 が適用される。倉庫の自動仕分け機・自動梱包機・物流ロボットなどが該当する。
• ものづくり補助金〈グローバル枠〉: 補助上限 3,000 万円。海外への事業展開や海外への販路開拓を目的とする設備投資・新サービス開発に特化した枠で、越境 EC 向けの大型物流投資の選択肢になる。

シーン別 3: 広告運用・集客強化

EC の集客に関する経費は、持続化補助金の広報費とウェブサイト関連費、 あるいはデジタル化・AI 導入補助金の対象 IT ツールに振り分けます。

• 持続化補助金 広報費／ウェブサイト関連費: 商品販売のためのウェブサイト作成や更新、販路開拓等のための特定業務用ソフトウェア導入は〈ウェブサイト関連費〉。 リスティング広告（Google 広告・Yahoo!広告）・SNS 広告（Meta 広告・LINE 広告・TikTok 広告）・運用代行費・電子パンフレット作成は、 第 19 回まではウェブサイト関連費だったが第 20 回では〈広報費〉の経費例に移っている。 ただしウェブサイト関連費の補助金交付申請額の上限は 30 万円（税込）で、 他の経費区分との併用が必須。
• 持続化補助金 広報費: チラシ・カタログの外注、新聞・雑誌等への商品・サービスの広告、 街頭ビジョンやデジタルサイネージ広告（屋外広告の掲載料）、販促品（商品・サービスの宣伝広告が掲載されている場合のみ）が対象。 一方で「商品・サービスの宣伝広告を目的としない看板・会社案内パンフレットの作成・求人広告」は対象外、 「補助事業期間外の広告の掲載や配布物の配布」「フランチャイズ本部の作製する広告物の購入」も対象外。 第 20 回の公募要領では広報費のみによる申請はできず（必ずほかの経費と一緒に申請）、当経費の補助金交付申請額の上限は 30 万円（税込）という制限が新設された。 EC 事業者でも実店舗併設の場合や試食会・展示会の集客にはこちらが活用できる。
• デジタル化・AI 導入補助金: マーケティングオートメーション・MA／CRM／顧客管理 SaaS は対象 IT ツールに登録されているケースがある。 事務局に登録された IT ツール一覧から自社の課題に合うものを選ぶ運用。

シーン別 4: 在庫管理・受発注デジタル化

EC事業者の在庫管理・受発注業務の自動化は、デジタル化・AI 導入補助金が最も親和性の高い制度です。 手作業の在庫管理・受注処理・配送伝票発行を SaaS に置き換えることで、労働生産性の向上が定量的に示せれば採択につながりやすくなります。

• デジタル化・AI 導入補助金 通常枠: 在庫管理・受発注管理・販売管理・顧客管理・会計・決済などの SaaS が対象。 5 万〜150 万円未満（1 プロセス以上）または 150 万〜450 万円以下（4 プロセス以上）で補助率 1／2 以内。 事務局に事前登録された IT ツールから選ぶ仕組みで、複数プロセスを横断して導入するほど補助上限が引き上げられる。
• デジタル化・AI 導入補助金 インボイス枠（インボイス対応類型）: IT ツール（ソフトウェア）は 〜350 万円で、 50 万円部分が補助率 3／4 以内（小規模事業者は 4／5 以内）、50 万円超〜350 万円部分が 2／3 以内。 ハードウェアは別建てで、PC・タブレット等が補助額 10 万円まで、レジ・券売機が 20 万円まで（いずれも補助率 1／2 以内）。 公募要領はハードウェアを「PC・タブレット等」「レジ・券売機」の 2 区分で示し、いずれも機能要件を「左記 IT ツールの使用に資するもの」としている。つまり区分に当てはまることが先で、IT ツールに資するかはそのうえでの要件という 2 段構えなので、区分名に挙がっていない機器は組み合わせ次第で入るわけではない。個別の機器の可否は対象 IT ツール検索と事務局への確認で判断する。
• デジタル化・AI 導入補助金 複数者連携デジタル化・AI 導入枠: グループ単位で補助上限額 3,000 万円。 EC モールとの連携・物流倉庫との連携・サプライチェーン全体のデジタル化に向く枠。

EC事業者ならではの注意点

• 特定商取引法に基づく表示・プライバシーポリシー・利用規約を整備: 通信販売を行う EC 事業者は、特定商取引法に基づき販売事業者名・所在地・連絡先・販売価格・支払方法・引渡時期・返品条件等の表示義務がある。 事業計画書で「販路開拓の準備が整っている」と評価されるためにも、これら法定表示は補助金申請前に整備しておく。 個人情報を取得する EC サイトはプライバシーポリシーも必須で、申請書類で『顧客情報の取扱い体制』を問われる場面がある。
• 業態別の許認可・許可証を準備: 古物商許可（中古品 EC）、通信販売酒類小売業免許（酒類 EC）、食品衛生法に基づく営業許可証もしくは届出書（受領印押印済み）の写し（食品取扱 EC）、薬機法に基づく許可（化粧品・医薬部外品 EC）など、業態によって法定要件が異なる。 発行・更新は所管官庁への申請が別途必要で時間がかかるため、補助金申請より前に取得・更新しておく。
• 商品仕入れ代金・在庫商品の購入費は対象外: 持続化補助金では『販売する商品の購入代金・原材料費』は補助対象外。 EC 事業者が誤解しやすい点で、補助金で在庫を仕入れることはできない。 販路開拓のためのサンプル品・試作品開発費は対象になり得るが、判断は公募要領と事務局確認が必要。
• 売上連動・成果報酬型の費用は対象外: 公募要領の補助対象外経費に「売上高や販売数量、契約数等に応じて課金される経費や成功報酬型の費用」「インターネットショッピング決済手数料」が明記されている。 楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングなど EC モールの売上連動の販売手数料、成果報酬型のモール内広告・アフィリエイト広告費はここに該当する。 一方で固定のシステム利用料は売上連動の手数料とは性質が異なるため、請求内訳を固定の利用料と売上連動の手数料に分けて整理しておく （第 20 回では「EC モールのシステム利用料、商品の登録作業費」も月額出店料も経費例に記載がないため、いずれも事務局へ要確認）。
• 補助対象外の経費でも事業実施は可能だが、自己負担になる: 補助金は「対象経費の合計額に補助率を乗じた金額」が交付されるため、対象外経費を含めて事業計画を組むこと自体は問題ない。 ただし対象外経費は全額自己負担。事業計画書の総額と、補助金が出る対象経費の額を分けて記載することで審査の透明性が増す。

EC事業者の補助金申請フロー

持続化補助金・ものづくり補助金の基本の流れは「事前準備 → 申請 → 採択 → 交付申請 → 交付決定 → 事業実施 → 実績報告 → 入金」の 8 段階（デジタル化・AI 導入補助金は採択後に別途交付申請を行わず、はじめから交付申請として受け付けられます）。採択 = 補助金確定ではなく、交付決定通知を受ける前の発注・契約・支払いは原則として補助対象外になる点だけは全制度共通の最重要ポイントです。

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   ステップ 1: 目的を 1 文で書く

   「何のために、どんな経費に、いくら投資したいか」を 1 文で言語化。EC サイト構築 / 物流改善 / 広告運用 / IT 導入 のどれが軸かで候補制度が変わる。

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   ステップ 2: 特商法表示・プライバシーポリシー・利用規約を最新化

   EC 事業の前提条件として、特定商取引法に基づく表示・個人情報保護法に基づくプライバシーポリシー・利用規約を最新化。これらが未整備だと事業計画書で『販路開拓の準備が整っている』と評価されにくく、また事業実態の証拠書類として求められる場合がある。

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   ステップ 3: 比較表で候補制度を 2 つに絞る

   本記事の比較表で補助上限・補助率・対象経費を確認。自店の事業規模・創業年数・東京都内かどうかで候補が決まる。

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   ステップ 4: GビズID アカウント取得（必要な制度のみ）

   申請先とアカウント種別は制度で異なる。持続化〈一般型〉は専用の電子申請システム、持続化〈創業型〉は jGrants で、いずれも公募要領が冒頭で「申請には『ＧビズＩＤプライム』のアカウント取得が必要です」としたうえで、申請先の項で GビズID プライムもしくは GビズID メンバーとしている。ものづくりは電子申請システム、デジタル化・AI 導入は事務局の申請マイページで、どちらも GビズID プライムが必須。発行に数週間程度かかる場合がある。東京都創業助成事業も募集案内は申請方法を「電子申請（Jグランツ）のみ」としている。

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   ステップ 5: 商工会議所・商工会へ事業支援計画書の発行依頼（持続化系）

   持続化補助金（一般型・創業型）は事業支援計画書（様式 4）が必要書類。発行受付締切は申請受付締切より前に設定されているため、最新の公募回スケジュールを公式サイトで確認し、早期に商工会議所・商工会へ相談する。

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   ステップ 6: 事業計画書を作成・提出

   『販路開拓（持続化）』『革新的サービス開発（ものづくり）』『労働生産性の向上（デジタル化・AI 導入）』のいずれの軸でも、誰に・何を・どう届けるかと、投資 → 売上拡大の数値ストーリーが採否を分ける。ウェブサイト関連費は単独申請不可・補助金交付申請額の上限は 30 万円（税込）。

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   ステップ 7: 交付決定通知を受けてから発注

   採択 = 補助金確定ではない。持続化・ものづくりは採択後に交付申請を行い、デジタル化・AI 導入は申請そのものが交付申請にあたる。いずれも交付決定通知を受けてから初めて発注・契約・支払いが補助対象になり、交付決定前の先行手配は補助対象外（最も多い失敗パターン）。

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   ステップ 8: 事業実施 → 実績報告 → 入金

   補助事業期間内に実施し、領収書・請求書・成果物（EC サイトのスクリーンショット・URL・運用ログ）を整理して実績報告。事務局承認後に精算払いされる。所要期間は制度・公募回ごとに異なるため、各個別記事および公式サイトで最新情報を確認する。

つまずきやすいポイント

• ウェブサイト関連費は単独申請不可・上限あり: 補助金交付申請額の上限は 30 万円（税込）で、他の経費区分との併用が必要。 EC サイトリニューアルだけで申請しようとすると要件を満たさない。委託・外注費や機械装置等費との抱き合わせ設計が必須。
• 商品仕入れ・在庫購入は対象外: 補助金で在庫を仕入れることはできない。EC 事業者が最も誤解しやすいポイント。 事業計画書では「販路開拓のための施策」と「販売する商品の調達」を明確に区別して記述する。
• モール費用は「システム利用料」と「売上連動の手数料」で扱いが違う: 「売上高や販売数量、契約数等に応じて課金される経費や成功報酬型の費用」は補助対象外と明記されている一方、 固定のシステム利用料は第 20 回の経費例に記載がなく可否が読み取れない（事務局へ要確認）。請求内訳を分けずに申請すると差し戻しの原因になる。
• 特商法表示・プライバシーポリシー未整備での申請は不利: 事業計画書で「販路開拓の準備が整っている」と評価されるためには、EC 事業の前提条件である法定表示の整備が必要。 申請直前の慌てた整備では事業実態の証跡として弱い。
• 商工会議所・商工会の様式 4 発行に時間がかかる: 持続化補助金（一般型・創業型）の必須書類「事業支援計画書（様式 4）」は、発行にあたり計画（様式 2・3）等の内容について直接確認を受ける場合があり、申請受付締切より前に発行依頼の受付締切が設定されている。 最新の公募回スケジュールを公式サイトで確認し、早期に相談予約を取る。

本サイトからできること

本サイトの無料アプリ（iOS / Android、準備中）では、本記事で扱う 5 制度を含む主要補助金の新規公募開始・締切 3 週間前・1 週間前・前日にスマホへプッシュ通知をお届けする予定です。 業種・地域フィルタで EC事業者に関係する補助金だけを通知に絞ることもできます。